Zobacz oszałamiające szczegóły SARS-CoV-2 dzięki wizualizacji 3D koronawirusa
Niedawno opublikowany trójwymiarowy model SARS-CoV-2, patogenu wywołującego ciężką chorobę układu oddechowego COVID-19, pokazuje niesamowite szczegóły.
Model 3D koronawirusa
Eksperci podkreślają, że model jest „tak dokładny, jak to tylko możliwe”, biorąc pod uwagę obecną wiedzę dotyczącą wirusa. Aby stworzyć model, biolodzy molekularni i obliczeniowi z Visual Science zwrócili się do Protein Data Bank.
Międzynarodowa baza danych zawiera dane strukturalne cząsteczek biologicznych, takich jak wirusy, a także białka i kwasy nukleinowe. Skonsultowano się także ze specjalistami zajmującymi się wirusologią strukturalną koronawirusów.
Po dokładnej i starannej analizie danych, rekonstruujemy kompletne modele białek wirusowych i ich interakcje za pomocą oprogramowania do biologii obliczeniowej, a następnie montujemy cały model w oparciu o te struktury oraz informacje o składzie. – wyjaśnia Yury Stefanov z Visual Sciene
Wizualizacja
Cząsteczki koronawirusów są pleomorficzne, co oznacza, że ich kształt może się różnić, ale ogólnie zostały opisane jako owalne lub kuliste o długości od 50 do 150 nanometrów. Jasne kolory na zdjęciu pokazują białka kodowane przez genom wirusowy.
Z kolei szare odcienie odpowiadają strukturom w komórkach gospodarza, które zostały już przejęte przez patogen. Wizualizacja w oszałamiających szczegółach pokazuje cząsteczkę wirusa z charakterystycznymi glikoproteinami w błonie.
Lepsze rozumienie
Wzdłuż powierzchni znajdują się białka szczytowe wykorzystywane przez wirusa do infekowania i łączenia się z komórką gospodarza. Widoczne jest również białko błonowe, które ułatwia „przyczepienie się” wirusa. Średnia cząstka SARS-CoV-2 ma około 90 trymerów.
Model odzwierciedla bieżące rozumienie struktury wirusa. Obejmuje kolce białek powierzchniowych, które oddziałują z receptorami na powierzchni komórki ludzkiej, aby dostać się do środka oraz otoczkę lipidową. Rekonstrukcji dokonano na podstawie dostępnych danych naukowych. – powiedział Ivan Konstantinov, założyciel Visual Science
